工程合同纠纷一般由建设工程仲裁委员会来处理。建设工程仲裁委员会是专门负责处理建设工程领域的纠纷的机构,其具有独立性和专业性,能够有效地解决工程合同纠纷。同时,根据不同地区的法律规定,也可能由其他仲裁机构或法院来处理工程合同纠纷。建议您根据具体情况咨询当地相关部门或律师,以确定最适合的仲裁机构或法院处理工程合同纠纷。
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